Una prima abbazia benedettina fu fondata nel 996 da san Domenico di Sora: di essa restano alcuni ruderi a poca distanza dall'odierno complesso. L'abbazia attuale fu costruita nel 1204 nei pressi della precedente, ma in un sito più accessibile, per volere di papa Innocenzo III dei conti di Segni e fu assegnata ai Certosini. La chiesa abbaziale di San Bartolomeo fu consacrata nel 1211.

Il nome Trisulti deriva dal latino tres saltibus che è il nome con cui veniva chiamato un castello del XII secolo gestito dai Colonna e che dominava i tre valichi (i "salti") che immettevano rispettivamente verso l'Abruzzo, verso Roma e verso l'area meridionale dello Stato della Chiesa. Tale castello è andato distrutto, ne rimangono alcune rovine. In seguito il nome si estese a tutta la zona situata su tre appendici (tres saltibus) del monte Rotonaria.

Il complesso nel corso dei secoli è stato ampliato e modificato più volte, e si presenta attualmente con forme essenzialmente barocche. Nel 1947 è passato alla Congregazione dei Cistercensi di Casamari.